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La geografia del Molise si caratterizza per la prevalenza di rilievi montuosi e collinari, tipici della dorsale appenninica. Con l’eccezione dei Monti della Meta, situati al confine nord-occidentale, i rilievi molisani appartengono all’Appennino meridionale.
Nella parte interna del Molise, al confine con la Campania, si trovano i Monti del Matese, che dominano il paesaggio con le loro cime imponenti. Qui spiccano:
Questi monti si distinguono per le loro forme meno dirupate rispetto ai rilievi abruzzesi, mostrando un paesaggio che si avvicina alla "media montagna".
Il cuore della regione è costituito dall’Appennino Sannita, una catena montuosa che si estende da nord-est a sud-ovest e prosegue nella vicina Campania. Questo tratto comprende rilievi argillosi dalle cime tondeggianti, intervallati da frequenti calanchi e frane. Le principali valli, come quelle della Bocca di Fòrli e della Sella di Vinchiaturo, sono testimoni dell'erosione millenaria che ha modellato il territorio.
Spostandoci verso oriente, il paesaggio del Molise si addolcisce, lasciando spazio alle colline preappenniniche. Queste si distinguono per le loro forme morbide e ondulate, che degradano progressivamente verso le pianure costiere.
Le colline occupano circa un terzo della regione e sono caratterizzate da terreni fertili, spesso utilizzati per l’agricoltura. Questa zona offre una transizione graduale tra le aspre montagne interne e le limitate pianure costiere.
Nonostante il Molise abbia solo 38 km di costa lungo l’Adriatico, il litorale è ricco di peculiarità. A differenza delle coste abruzzesi più lineari, la costa molisana presenta una morfologia movimentata con promontori e foce fluviali.
Le pianure costiere, sebbene limitate, sono state oggetto di importanti opere di bonifica nel passato.
Il Molise presenta una rete idrografica caratterizzata da corsi d’acqua di tipo torrentizio, che scorrono prevalentemente in direzione parallela verso l’Adriatico. La portata media annua dei fiumi è generalmente limitata, riflettendo la natura irregolare delle precipitazioni. Tra i principali corsi d’acqua spicca il Biferno, il più significativo della regione, con una portata media annua di circa 20 metri cubi al secondo. Nasce dai Monti del Matese, attraversa la valle più ampia del Molise e, dopo un percorso di 83 chilometri interamente in territorio regionale, sfocia nell’Adriatico.
Un altro importante fiume è il Trigno, lungo 84 chilometri, che segna in parte il confine con l’Abruzzo. Le sue sorgenti si trovano sul Monte Capraro, da cui scorre verso est fino alla foce adriatica. Al confine meridionale si trova il Fortore, un corso d’acqua lungo 86 chilometri che origina in Campania, segna in parte il confine con la Puglia e termina il suo corso nel territorio pugliese. Nonostante il Molise si affacci quasi interamente sul versante adriatico, include l’alto bacino del Volturno, che scorre verso il Tirreno.
Nonostante le sue ridotte dimensioni, il Molise presenta una notevole varietà climatica, influenzata principalmente dall'altitudine e dall'esposizione ai venti. La morfologia dei rilievi, che degradano verso il mare, e le ampie vallate fluviali favoriscono la penetrazione dei benefici influssi marini anche nelle aree interne. Tuttavia, è l'altimetria a giocare un ruolo dominante nel determinare le caratteristiche climatiche delle diverse zone.
Lungo la fascia costiera, il clima è di tipo marittimo, con temperature miti sia in estate che in inverno e precipitazioni moderate, che si attestano intorno ai 700 mm annui. Spostandosi verso l'interno, il clima diventa progressivamente più continentale, con estati brevi e calde e inverni freddi, soprattutto nelle aree collinari. Nelle zone montane dell'Appennino molisano, il clima è tipicamente montano, caratterizzato da inverni rigidi, nevicate e precipitazioni abbondanti, che possono raggiungere i 1500 mm annui e in alcune aree arrivare fino a 3000 mm.
Il Molise, pur essendo prevalentemente montuoso, presenta un indice di boscosità moderato, conseguenza di una lunga storia di disboscamenti dovuti alle necessità agricolo-pastorali. La vegetazione si distribuisce secondo le diverse aree climatiche, offrendo una varietà che spazia dalle foreste montane alla macchia mediterranea lungo la costa.
Nella catena delle Mainarde, situata a ridosso del Parco Nazionale d’Abruzzo, sono ancora presenti estese foreste di faggi e cerri. Le pendici del Matese, invece, ospitano faggi nelle aree più alte, mentre a quote inferiori si trovano aceri, carpini, castagni e roverelle. I rilievi subappenninici, un tempo coperti da un’unica vasta abetina, conservano oggi alcune tracce delle rigogliose foreste originarie, visibili in località come Pescopennataro, Capracotta e Collemeluccio. La fascia costiera, sebbene breve, è caratterizzata dalla tipica macchia mediterranea, anche se le attività agricole e l’urbanizzazione hanno ridotto significativamente gli ambienti naturali originari.
La fauna molisana è simile a quella abruzzese, soprattutto nelle Mainarde, dove sopravvivono specie iconiche come l’orso marsicano, il lupo appenninico, il camoscio e il gatto selvatico. Tra gli uccelli si possono osservare aquile reali e gufi reali. La regione è inoltre custode di due riserve naturali orientate: Collemeluccio, nel comune di Pescolanciano, e Monte di Mezzo, nel comune di Vastogirardi, entrambe in provincia di Isernia. Queste aree protette, sebbene limitate, rappresentano preziosi rifugi per la biodiversità.